Em 2001 a escola iniciou um projeto pedagógico para atender à lei 10.639/03, que trata da inclusão do ensino de história e cultura afro-brasileira no currículo escolar e, desde então, passou a ser alvo de pichações racistas o que contribuiu para o do fortalecimento do projeto.
No ano passado foi encaminhada ao prefeito Fernando Haddad e aos então Secretários Municipais de Educação e de Direitos Humanos e Cidadania, Gabriel Chalita e Eduardo Suplicy, uma carta contando a história da escola e realizada uma campanha nas redes sociais e nos eventos ligados à Educação na cidade, para mobilizar o maior número de pessoas em apoio à causa. Fez parte da mobilização um abaixo-assinado com mais de 19.200 assinaturas.
Com a aprovação da Câmara dos vereadores e a sanção do prefeito Haddad a unidade passa se chamar, oficialmente, EMEI Nelson Mandela, líder sul-africano e ícone na luta contra o processo de discriminação instaurado pelo apartheid, na África do Sul e defensor das causas humanitárias, que morreu em dezembro de 2013