Martinho Lutero, nascido em 10 de novembro de 1483, em Eisleben, iniciou sua formação aos 18 anos, na Universidade de Erfurt. Aos 21 anos, tornou-se doutor em filosofia. Em 1505, completou o curso de artes. Com 22 anos, entrou para o mosteiro dos Eremitas Agostinianos. Em setembro de 1508, aos 24 anos de idade, mudou-se para Wittenberg, onde pretendia continuar seus estudos. Nove anos mais tarde, em 1517, conta a história que ele pregaria na porta da igreja do castelo de Wittenberg suas 95 teses desafiando os ensinamentos da Igreja sobre a penitência, a autoridade do papa e a utilidade das indulgências e com um convite aberto ao debate sobre elas, o que marcaria o início da Reforma Protestante.
Afirmava Lutero, na abertura de suas Teses: "Por amor à verdade e no empenho de elucidá-la, discutir-se-á o seguinte em Wittenberg, sob a presidência do reverendo padre Martinho Lutero, mestre de Artes e de Santa Teologia e professor catedrático desta última, naquela localidade. Por esta razão, ele solicita que os que não puderem estar presentes e debater conosco oralmente o façam por escrito, mesmo que ausentes. Em nome do nosso Senhor Jesus Cristo. Amém."
A partir da publicação-protesto do "Debate para o esclarecimento do valor das indulgências", o texto foi traduzido do latim para o alemão, o holandês e o espanhol em menos de um mês, iniciando-se aí um forte processo de divulgação e estudo das Teses. Em 1518, Lutero foi considerado herege pela Igreja Católica e, em 1521, a bula papal de Leão X "Decet Romanum Pontificem" determinava a excomunhão do monge.
Lutero foi então exilado no Castelo de Wartburg, em Eisenach, onde permaneceu por cerca de um ano. Durante esse período, trabalhou na sua tradução da Bíblia para o alemão, publicando o Novo Testamento em setembro de 1522.
Assim, começaram a ocorrer renúncias ao voto de castidade e do celibato, ao mesmo tempo em que outros tantos atacavam os votos monásticos, além da eliminação das imagens nas igrejas. O casamento de Lutero com a ex-freira cisterciense Catarina von Bora incentivou o casamento de outros padres e freiras que haviam adotado a Reforma. Em janeiro de 1521 foi realizada a Dieta de Worms, que teve um papel importante na Reforma. Nela, em vez de Lutero desmentir as suas teses, como lhe era pedido, defendeu-as e pediu a reforma, o que ficou registrado na história pela suas palavras: "Hier stehe ich. Ich kann nicht anders" (Aqui estou. Não posso renunciar).
Para responder a esse processo, a Igreja Católica realizou o Concílio de Trento (1545-1563), que resultou no inicio da Contra-Reforma ou Reforma Católica. A Inquisição e a censura exercidas pela Igreja foram a resposta para evitar que as idéias reformadoras encontrassem divulgação em outros países. Foi nesse período que ocorreu o Massacre da Noite de São Bartolomeu, na França, em 24 de agosto de 1572, tendo se estendido por vários meses, inicialmente em Paris e depois em outras cidades francesas, vitimando entre 70 mil e 100 mil protestantes franceses, os chamados huguenotes.
A Reforma, ao longo do tempo, foi se firmando em quatro pilares principais: somente a Escritura (sola scriptura), somente a graça de Deus (sola gratia), somente Jesus Cristo (solus Christus) e somente a fé (sola fide). Com isso, afirmava-se que a Escritura revela a verdade da salvação eterna através de Jesus Cristo, e nenhum outro livro ou mensagem pode tornar-nos capazes para a salvação. Daí vem o propósito de Lutero de traduzir essa verdade para a língua do seu povo. A Reforma também defendeu que, em seu grande amor e misericórdia, Deus tomou a iniciativa de salvar o homem. Porém, como foi concebido em pecado, o homem não tem forças para se salvar. Por isso, Jesus Cristo, por causa do sacrifício feito na cruz e por causa da sua ressurreição, é o Único que pode salvar o ser humano dos inimigos que o aprisionam. Assim, a Reforma está baseada na Escritura como regra ou norma única de fé e vida, e sobre a fé somente em Jesus como Salvador da humanidade.
A primeira tentativa de estabelecer uma igreja protestante no Brasil foi em 1555, que pretendia dar refúgio aos calvinistas franceses, perseguidos pela Inquisição européia. A segunda tentativa foi em 1630, quando os holandeses tomaram Recife, Olinda e parte do Nordeste, registrando a presença do protestantismo. Após a expulsão dos holandeses, em 1654, o Brasil fechou as portas aos protestantes por mais de 150 anos.
Com a chegada da família real, em 1808, abriu-se uma brecha no monopólio católico, permitindo a presença de outras religiões. Os protestantes estrangeiros, no entanto, não podiam pregar nem construir igreja com torre, mais podiam reunir-se e cultuar a fé, comercializar a Bíblia e até distribuí-la.
O luteranismo foi trazido ao Brasil pelos primeiros imigrantes alemães que desembarcaram em São Leopoldo, no Vale do Sinos, no Rio Grande do Sul, em 1824.